Masjid ini menjadi mangsa pembangunan infrastruktur Kuala Lumpur. Jabatan Perancang Bandar Kuala Lumpur meluluskan pelbagai bangunan dan struktur sehingga menghilangkan keindahan masjid ini. Akibatnya tiada lagi ruang untuk pembesaran dan tempat parkir kereta. Tandas juga tidak terurus dengan baik.

Masjid ini terletak kira-kira 10 meter dari paras normal Sungai Gombak-Sungai Klang. Pada 10 Jun 2007, Lantai Masjid Jamek dan sekitarnya tenggelam hampir 1 meter.Hujan lebat bermula 6 petang dan berlarutan sehingga 8 malam . Tanda ukur di Sungai Klang mencapai 30 kaki iaitu angka paling tinggi pada pengukur itu.Beberapa kereta dihanyutkan air ke pekarangan Masjid Jamek. Masalah banjir pernah melanda pada tahun 1926,1971 dan 2003 . [4]Dalam Masjid Jamek diselaputi lumpur dan sebuah tembok dinding sebelah kanan masjid runtuh akibat rempuhan arus deras air banjir.[5]Stesen Sistem Transit Aliran Ringan (LRT) di Masjid Jamek juga ditutup hampir sejam.

Sungai Gombak yang bergabung dengan Sungai Batu di Pusat Dagangan Dunia Putra (PWTC) merupakan cabang terbesar jika dibandingkan dengan cabang Sungai Klang yang menyusur di bawah stesen transit aliran ringan Masjid Jamek. Sungai Ampang bergabung dengan Sungai Klang. Hujan sekitar Selayang, Kepong, Jinjang, Gombak, Segambut, Sentul, Setapak dan Melawati hingga ke Jalan Ipoh dan Chow Kit akan melimpah sebagai banjir kilat di Masjid Jamek.[6]

Satu kubah bawang di bahagian tengah masjid ini pernah runtuh sekitar 1990-an. Kemudian ia diperbaiki semula. Solat masih diteruskan kerana tidak melibatkan semua kubah.

Dewan Bandaraya Kuala Lumpur (DBKL) dan Jabatan Agama Islam Wilayah Persekutuan (Jawi) perlu memantau kekotoran dan ketidakselesaan akibat golongan tertentu yang beristirehat dan baring-baring .[7]